1. 新疆以天山为界分为北疆和南疆，北疆是牧区，南疆是农区。由于南疆是绿洲城邦所以战力很弱，中原强则内附，中原弱则北服，历来如此。北疆出了伊犁河流域就进入哈萨克草原，过了哈萨克草原经过里海北岸就进入南俄草原，这就是有名的“青铜之路”。南疆大沙漠的两端绿洲延伸成商路，进入河中，这就是有名的“丝绸之路”。北疆的游牧民族从来彪悍，以伊犁河和楚河流域为中心，屡屡向西攻略河中；而南疆相反，总是费尔干纳向东袭扰喀什。
2. 怛罗斯之战与新疆的伊斯兰化并无关系。因为怛罗斯不在新疆，这个战争的结果倒是使得唐朝失去了中亚。至于什么阿拉伯勇士远征中国，进入新疆就是个传说，笑笑就行了。还有唐朝放弃碎叶也在怛罗斯之前，与此无关。唐朝彻底失去新疆之后，南疆在吐蕃治下，北疆在回鹘治下。此时的中亚是独立于阿拉伯帝国的萨曼王朝，在伊犁河和楚河（楚河在唐朝叫碎叶水）流域很复杂，反正就是突厥语系民族，比较乱就不展开说了，但是这个地方以后还会提到。
3. 南疆在上述时期主要是塞种人，信佛教为主。从高昌和于阗的记录看，此时的塞种人已经是混血了。回鹘这时候是信奉摩尼教的，粟特人活动还很积极。拜火教和景教徒在新疆的人数也很多。据历史记载960年的20万帐突厥人信奉伊斯兰教是个大事件。需要注意的是，此事对中亚的影响远大于新疆，而且此时离怛罗斯之战过去了200余年。
4. 吐蕃的势力退回高原，而回鹘的势力离开草原对新疆的影响才是巨大的。进入新疆的回鹘建立了高昌回鹘和喀喇汗国两个国家。严格说来，喀喇汗国是前述的那个比较乱的突厥语民族体，共同建立的，信伊斯兰教。他们很厉害，以楚河流域为中心，卡嚓了萨曼王朝。与西方的辉煌不同，在东方，喀喇汗国有了喀什地区，打下于阗这个佛教中心就算是最大成就。而以高昌为中心的高昌回鹘依然占据着现在哈密到阿克苏之间广大地区。高昌回鹘信佛教，一直和操同种语言的西面的喀喇汗国对峙。
5. 统一新疆，终结两个回鹘政权的居然是转进的耶律大石。不仅如此，大石还穿越到河中打败了塞尔柱突厥，这一仗很像怛罗斯的翻版，区别只是结果相反。大石将国都搬到喀喇汗国的国都，在楚河流域。其东有乃蛮西道花剌子模。虽然，西方坚持这是一场基督徒和MSL的会战，但是大石作为统治者，从来不表明自己对哪一种宗教的偏爱。
6. 西辽的终结来自帝国的两端，乃蛮部的屈出律和花剌子模。屈出律是基督徒还是佛教徒还是有争议的，但是他取代了他老丈人之后，的确在新疆对MSL进行了迫害。正是宗教的迫害，使得成吉思汗可以近乎兵不血刃拥有新疆。作为反迫害者，蒙古人并没有信伊斯兰教。此时新疆的高昌回鹘故地的人被称为“畏兀儿”。“畏兀儿”和“WWE”是一个词的不同音译，但此时的畏兀儿只是指东部新疆的非MSL的回鹘人。他们的影响在蒙古帝国也很大，老蒙文就是参考粟特字母的畏兀儿文。
7. 在元朝建立之前，蒙古汗国并没有分裂。成吉思汗死后将外蒙故地留给了四子拖雷。故地以东是诸弟的封地，称东道诸王；以西是三子的封地，称西道诸王。这时没有什么四大汗国，有的只有诸王的兀鲁斯。蒙古汗国在牧区实行千户制度，牧民的数量比疆域重要。在农业区实现达鲁花赤制度，一切委任来自大汗，城邦是黄金家族的共同财产。窝阔台时代，去达鲁花赤，在中原设中书省，领导是耶律楚材。又仿照如此治理南疆和河中。并将对他有大帮助的二哥察合台的权力限定在伊犁河流域。顺便说一句，作为伊斯兰的察合台汗国，在察合台时代还是隶属于中央的。察合台也是个保守的蒙古人，对伊斯兰教没太大的好感。
8. 分裂蒙古汗国的恰恰是元朝的奠定者---忽必烈。他将他弟弟旭列兀封为伊尔汗，以藩属身份隶属中央。同时将东道诸王和外蒙诸王置于行省治下，加强皇权。但穷其一生未平海都，使得以伊犁河为中心的海都进有河中和南疆。在都哇和铁穆尔“通一家之好”以后也成了藩属，为察合台汗国。需要指出的是现在的哈密至乌鲁木齐这个畏兀儿故地还在元朝范围。这时的畏兀儿已经有部分信伊斯兰教了，但总之还是有区别。在明朝初期的诏书中还将畏兀儿和回回以及哈喇灰（蒙族一部是MSL）相并列。
9. 察合台汗国在新疆和中亚有分裂。新疆的蒙古人叫莫古勒（就是蒙古）人，中亚的蒙古人叫察合台人。彼此不鸟对方。察合台人管莫古勒人叫扎答（Jete）意思是“盗贼”；莫古勒人管察合台人叫哈拉乌纳斯（Qaraunas）意思是“杂种”。秃黑鲁铁穆尔虽然短暂的统一了察合台汗国，但是帝国在农业区的埃米尔们已经做大，只是东部可汗还罩得住，西部就被一个跛子埃米尔给颠覆了。
10. 帖木儿的故事跟新疆关系不大，他的帝国总体上不在新疆。他虽然捣毁了阿里麻里这个察合台汗国的都城，却没有占领。南疆还在朵豁喇惕部手里，东察合台汗迁入明境，被安置在别失八里（当时属明）。帖木儿的远征更多的是对付别失八里汗。在帖木儿死后，别失八里汗自行回伊犁河流域建亦力把里（就是伊犁的另一种音译），以及后来的帖木儿汗向明朝请封这一系列事情看，真不能对帖木儿的中国之战给予太多想象。
11. 成化八年，察合台裔的王占领哈密卫，全疆才真正统一在一处，全部伊斯兰化。现代意义上的WWE族才出现，只是这时的首领还是蒙古人。也就是说，察合台系后王统一南疆的突厥语系民族形成了现在的WWE族；术赤系后王统一河中的突厥语系民族形成了乌兹别克族。和一般认为的不同，哈萨克不仅有来自术赤系的，也有来自察合台系的，总之是不同于前两个农业区，而保持这草原游牧的人。也就是这时，卫拉特蒙古人来了。
12. 卫拉特蒙古是明末清初来到北疆的，后来就牛了。和硕特部拥有了对青海、西藏以及康区的统治；准噶尔部拥有了整个新疆和哈萨克大部；土尔扈特也雄霸南俄草原。这个版图还是不小的，但是时代不同了，在俄国和清朝这两个帝国的相向进攻中，这个庞大的草原汗国灰飞烟灭了。准噶尔人的消亡，与清廷屠杀有关，也与传染病有关。不久北疆被哈萨克一部填充。
补充1.回鹘在草原的时候使用的是古突厥文，貌似这个古突厥文是外蒙草原上的第一种文字。回鹘可汗在外蒙的石碑上有三种文体，正面是用古突厥文字的回鹘语，反面是粟特语和汉语。回鹘人接受摩尼教也与粟特人有关。后来西迁的高昌回鹘就使用粟特字母记录回鹘语，这个粟特字母又为蒙文和满文所使用。高昌回鹘信奉佛教是有过程的，但是不复杂，因为摩尼教就是尝试将拜火教、佛教和基督教融合在一起的宗教。有相通，转化就不困难。摩尼教就是金大侠笔下的明教，朱元璋是明教教主是假，方腊是明教教主到是真的。
补充2.在楚河的突厥首领率领20万帐信奉伊斯兰教之前的宗教信仰史无记载。只是早先唐僧记录这里是信拜火教的。该部信伊斯兰教与萨曼王朝将河中变成伊斯兰教的东方中心有关。突厥人进入河中不仅终结了萨曼王朝，也终结了粟特语和粟特文，粟特语曾经可是丝路的重要交流语言。阿拉伯文字和突厥语伴随这伊斯兰教在中亚成为主流。中亚和新疆之间的文化差异不是不可弥合的，但的确存在。至少西辽和察合台汗国都没有成功融合。至近代更由于新疆与中亚分别为中俄两属，所以将所谓的西突厥斯坦和东突厥斯坦（我恨这个词）组合成为一个包括火鸡在内的大突厥在文化上都有难度。
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